Kementerian Kesehatan telah melakukan kerjasama strategis dengan berbagai pihak untuk memastikan sistem elektronik pada PeduliLindungi telah aman dan laik digunakan. Bersama Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN), Kementerian Kesehatan telah menerapkan sistem pengamanan berlapis yaitu pengamanan pada aplikasi, pengamanan pada infrastruktur (termasuk pusat data) dan pengamanan data terenkripsi.
PeduliLindungi telah melalui rangkaian penilaian aspek teknis dan legalitas dalam rangka pendaftaran sebagai penyelenggara sistem elektronik pada Kementerian Komunikasi dan Informatika, dan penempatan data di Pusat Data Nasional Kementerian Komunikasi dan Informatika. Dengan demikian, PeduliLindungi merupakan sistem elektronik yang andal, aman, terpercaya, dan bertanggung jawab.
